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蛋白质序列同源性比对
何时需要比对蛋白质序列同源性？
• 样本中某些氨基酸位点发生突变
• 转染部分基因序列的过表达样本
• 确定抗体特异性针对蛋白的哪个亚型
如何进行蛋白质序列同源性比对？
常用的蛋白质序列比对的方法：
Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW
Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)
如何进行蛋白质序列同源性比对？
-Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW
例如： Anti-FOXP3 antibody [mAbcam 22510] (ab22510)是否能够用于rabbit源样本？
第一步：确定用作免疫原的氨基酸序列
Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW —确定用作免疫原的氨基酸序列
Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW —确定预检测种属蛋白质的氨基酸序列
第二步 通过NCBI确认预检测种属蛋白质的氨基酸序列
Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW -开始比对序列同源性
第三步 打开序列比对软件
http://www.genome.jp/tools/clustalw/
Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW -开始比对序列同源性
输入用作免疫原的氨基酸序列以及预检测样本种属的蛋白质氨基酸序列
Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW -序列同源性比对结果
蛋白质序列同源性比对方法二
—Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
用作免疫原的氨基酸序列 比较两段序列时勾选
Rabbit FOXP3的氨基酸序列
蛋白质序列同源性比对结果的指导意义
两种方法的比对结果： 94%同源性；
抗体识别预检测种属的可能性：同源性大于90%，理论上认为该抗体能够识别该种属来源的蛋白；
由于没有具体的实验数据，无法100%保证实验的结果；
